Am Seenprogramm sind der Bodenseekreis und die Landkreise Biberach, Ravensburg, Sigmaringen sowie 47 Städte und Gemeinden beteiligt.
Landkreis Biberach:
Bad Schussenried, Biberach, Eberhardzell, Erolzheim, Hochdorf, Rot an der Rot, Ummendorf, Uttenweiler.
Bodenseekreis:
Daisendorf, Friedrichshafen, Kressbronn, Meersburg, Owingen, Salem, Neukirch, Tettnang, Überlingen.
Landkreis Ravensburg:
Altshausen, Amtzell, Argenbühl, Aulendorf, Bad Waldsee, Baindt, Bergatreute, Bodnegg, Ebenweiler, Eichstegen, Fleischwangen, Fronreute, Guggenhausen, Hoßkirch, Isny, Kißlegg, Leutkirch, Ravensburg, Schlier, Unterwaldhausen, Vogt, Waldburg, Wangen im Allgäu, Wilhelmsdorf, Wolpertswende.
Landkreis Sigmaringen:
Bad Saulgau, Illmensee, Krauchenwies, Ostrach, Wald.