Das Seenprogramm betreut seit 1989 über 100 Seen und Weiher in den Landkreisen Biberach, Bodenseekreis, Ravensburg und Sigmaringen. Ziel ist es den ökologischen Zustand der Seen und Weiher zu verbessern, die Verlandung zu verlangsamen und den Erholungs- und Freizeitwert zu erhöhen.
Finanziert und getragen wird Seenprogramm vom Land Baden-Württemberg, den vier Landkreisen und 47 beteiligten Städten und Gemeinden. Die individuellen Sanierungskonzepte werden von einem interdisziplinären Team aus der Landwirtschafts, Naturschutz- und Wasserwirtschaftsverwaltung entwickelt und umgesetzt. Das Land Baden-Württemberg gewährt Fördermittel für die Sanierungsmaßnahmen.
Die Aufgaben des Seenprogramms sind: