Der Schwerpunkt des oberschwäbischen Seenprogrammes ist die Sanierung der beteiligten Seen und Weiher (Beseitigung von Nährstoffeinträgen und somit Ursachenbekämpfung). Nur in Ausnahmefällen werden Restaurierungen (Eingriffe ins Gewässer selbst und somit Symptombehandlungen) vorgeschlagen und umgesetzt.
Die Einflussbereiche auf einen See oder Weiher und somit die Sanierungsmaßnahmen betreffen bei den oberschwäbischen Seen und Weihern insbesondere folgende Bereiche: