Einträge von kommunalen Kläranlagen (auch wenn diese sehr gut funktionieren) oder anderen Abwasserbehandlungsanlagen (Regenentlastungen) können Seen und Weiher erheblich beeinträchtigen. Aus diesem Grund müssen diese Einträge möglichst beseitigt oder zumindest auf das absolut unvermeidliche Niveau abgesenkt werden.
Bei den am Seenprogramm beteiligten Gewässern werden inzwischen keine Ausleitungen von Kläranlagen in Seen oder Weiher eingeleitet.
Allerdings tragen bei mehreren Seen und Weihern die Regenentlastungen zur Eutrophierung der Gewässer bei.