Ein erster großer Erfolg des Seenprogrammes war die Internationale Seenfachtagung 1998 in Weingarten. Fast 150 Teilnehmer aus Deutschland, Österreich, Liechtenstein, Dänemark und der Schweiz haben sich über die Sanierungsmaßnahmen des Seenprogrammes informiert. Referenten aus mehreren Ländern haben ihre Erfahrungen und Erkenntnisse zu kleinen Seen vorgetragen und zur Diskussion gestellt.

Schwerpunktthemen waren landwirtschaftliche und fischereiliche Maßnahmen.